Ngày 28 tháng 4 năm 1698, Henrietta kết hôn với Francis Godolphin và kể từ đó được gọi là Phu nhân Henrietta Godolphin.[12] Cha của Francis, Sydney Godolphin là một người bạn của cha mẹ Henrietta.[13] Henrietta nhận được khoảng hồi môn trị giá 5.000 bảng Anh từ cha mẹ. Vương nữ Anne, một người bạn thân của gia đình Marlborough, cũng cấp cho Henrietta khoảng hồi môn có trị giá tương đương.[8] Thực chất, Anne đề nghị một khoản tiền 10.000 bảng Anh, nhưng Sarah đã từ chối và chỉ chấp nhận một nửa khoản tiền được đề xuất.[12][14] Trong những năm đầu của cuộc hôn nhân, Henrietta và chồng sống cùng bà Công tước Sarah tại St James và St Albans.[12] Năm 1706, bố chồng Henrietta được phong làm Bá tước xứ Godolphin, Francis và Henrietta do đó được gọi với tước hiệu nhã xưng là Tử tước và Tử tước phu nhân Riaton.

Sau khi mẹ chồng, Margaret Blagge qua đời, vì cha chồng không tái hôn nên Henrietta đảm nhận vai trò của một nữ chủ nhân của nhà Godolphin. Sau khi sinh non con trai William, Henrietta đã nhờ một người hầu thông báo cho chồng biết chuyện con trai ra đời:"Đi mà nói với tên ngốc đó là hắn đã có người thừa kế!"[lower-alpha 1][11] Francis là người tẻ nhạt nhưng tốt bụng đối với vợ, vì sở thích của Francis là lai giống ngựa (Francis đã lai giống ra con ngựa Godolphin Arabian trứ danh), trong khi đó Henrietta ưa thích những vũ điệu đồng quê, giải trí cũng những nhà thơ và nhà viết kịch ở Dinh thự Godolphin.[11]

2 giờ sáng ngày 15 tháng 9 năm 1712, Sidney Godolphin, Bá tước thứ 1 xứ Godolphin qua đời ở Dinh thự của nhà Marlborough ở St Albans.[15][16] Francis kế vị cha trở thành Bá tước thứ 2 xứ Godolphin, Henrietta vì thế trở thành Bá tước phu nhân xứ Godolphin.[1]